Công đoàn Ban Tổ chức Chính quyền được thành lập năm 1997 (năm 2004 đổi tên thành Công đoàn Sở Nội vụ). Ngày mới thành lập, tổ chức công đoàn mới có 8 đoàn viên và được chỉ định 01 Chủ tịch Công đoàn cơ sở. Qua 16 năm hoạt động và 6 kỳ Đại hội, đến nay Công đoàn Sở Nội vụ đã có 62 đoàn viên sinh hoạt tại 6 tổ công đoàn. Mặc dù ở nhiều lĩnh vực công tác khác nhau song đoàn viên công đoàn Sở Nội vụ luôn đoàn kết, thường xuyên giúp đỡ nhau trong những lúc khó khăn, phấn đấu thực hiện tốt mọi nhiệm vụ được giao.

Những thành tích đã đạt được: Từ năm 1997 đến năm 2006, hàng năm Công đoàn Sở Nội vụ đều đạt tập thể công đoàn cơ sở vững mạnh. Từ năm 2007 đến 2012, Công đoàn Sở Nội vụ đạt Công đoàn cơ sở vững mạnh xuất sắc.

Về khen thưởng: Từ năm 2007 đến năm 2012, Công đoàn được Liên đoàn Lao động tỉnh tặng Bằng khen đã có thành tích xuất sắc trong phong trào CNVC và hoạt động Công đoàn. Từ năm 2007 đến năm 2012, có 01 cá nhân có thành tích xuất sắc được Liên đoàn Lao động tỉnh tặng Bằng khen.

 Ban Chấp hành Công đoàn Sở được bầu từ Đại hội nhiệm kỳ 2012 - 2015 gồm 5 đồng chí, trong đó có 01 Chủ tịch Ban Chấp hành, 01 Phó Chủ tịch Ban Chấp hành và 03 Ủy viên:

 Ban Chấp hành Công đoàn Sở được bầu từ Đại hội nhiệm kỳ 2016 - 2021 gồm 5 đồng chí, trong đó có 01 Chủ tịch Ban Chấp hành, 01 Phó Chủ tịch Ban Chấp hành và 03 Ủy viên:

- Chủ tịch: Đồng chí Vũ Văn Yên - Phó Giám đốc Sở.

- Phó Chủ tịch: Đồng chí Hoàng Minh - Trưởng Ban Thi đua Khen thưởng;

- Các Ủy viên:

+ Đồng chí Nguyễn Thị Chung - Chánh Văn phòng Sở;

+ Đồng chí Lương Ngọc Tuyến - Chánh Thanh tra;

+ Đồng chí Hà Thị Thủy - Trưởng Phòng XDCQ&CTTN.